1.通常采用自然排出的粪便，不可以用从湿尿布上取下的大便，因为有一些成分会被湿尿布吸收，引起数据的不准。多选取含有粘液、脓血等病变成分的新鲜粪便，外观无异常的粪便须从表面、深处及粪端多处取材，其量约 5g(约指头大小)，盛放于洁净有盖一次性大便盒中。
       2.容器要洁净，不得混入尿液，避免月经血、消毒剂及污水等污染；更不可从尿壶或便盆中采取粪便标本。粪便标本中也不可混入植物、泥土、污水等，因腐生性原虫、真菌孢子、植物种子、花粉易混淆实验结果。
       3.标本力求新鲜，采取标本后及时送检（1小时内送到），以免标本久置，因pH及消化酶等影响，而使粪便中细胞成分破坏分解；避免降低隐血反应的敏感度。
       4.无粪便而又必须检查时可经肛门指诊获取粪便。灌肠后的粪便常因过稀及混有油滴等而不适于作检查标本。禁止用纸巾、棉拭子等盛放或留取粪便标本。
       5.检查粪便隐血，患者收集标本前3日禁食肉类、肝、血等动物性食物和大量绿色蔬菜，禁食维生素C和含铁剂药物，以免干扰化学法潜血试验。
       6.检查阿米巴滋养体应于排便后立即从脓血性或稀软部分取材，并采取保温、加温措施迅速送检。因为阿米巴原虫可在低温下失去活动力，影响检查。
       7.做粪便细菌学检查，标本应采集于灭菌有盖容器内(建议使用提供的专用容器),标本应及时尽快送检（1小时内送到）。
       8.隐血(或称潜血)试验标本选取外表及内层粪便，连续检查3天，以免误诊，因为口腔粘膜及牙龈出血都可造成潜血实验阳性。
       9.对有特殊要求的项目按指引要求留取标本送检。